Στις 17 Μαρτίου (4 Μαρτίου με το παλιό ημερολόγιο), το ελληνικό ναυτικό και ο στρατός απελευθερώνουν την πόλη των Αγίων Σαράντα στη Βόρειο Ήπειρο.
Η δράση στο Μέτωπο της Ηπείρου ήταν δευτερεύουσας σημασίας σε σύγκριση με την προέλαση του στρατού στη Θεσσαλία και την επικράτηση στο Αιγαίο. Ωστόσο, οι ανάγκες υποστήριξης της ελληνικής Στρατιάς Ηπείρου και η αναγνώριση των αναγκών για προστασία και υποστήριξη από τη θάλασσα στο Ιόνιο, οδήγησαν το επιτελείο να οργανώσει μια ειδική διοίκηση, τη Μοίρα του Ιονίου Πελάγους. Η Μοίρα αριθμούσε δύο μεγάλες κανονιοφόρους, τρεις μικρότερες και τέσσερις “ατμομυοδρόμωνες” (σιδερένια ιστιοφόρα με δευτερεύουσα πρόωση προπέλας κινούμενη με λέβητες ατμού).
Τα πλοία της Μοίρας ήταν μικρά, παλιά, αργοκίνητα και πολύ ελαφρά εξοπλισμένα αλλά κατόρθωσαν ελλείψει ουσιαστικού αντιπάλου να επικρατήσουν στη θάλασσα και να υποστηρίξουν τις ελληνικές δυνάμεις προσφέροντας υπηρεσίες πολύ πέρα από όσο υπολογιζόταν. Υπό τη διεύθυνση του πλοιάρχου Ι. Δαμιανού, η Μοίρα εξανάγκασε ένα σκοπούν οθωμανικό τορπιλοβόλο να αυτοβυθιστεί στο λιμάνι της Πρέβεζας, υποστήριξε με πυρά την προέλαση κοντά στην ακτή των ελληνικών τμημάτων στρατού, αποβίβασε άγημα που κατέλαβε τη νήσο Σάσωνα και περιπολούσε στην περιοχή Αμβρακικού και Δυρραχίου κυριαρχώντας στο θαλάσσιο στοιχείο.
Η δράση της Μοίρας ήταν τόσο αποτελεσματική που το επιτελείο άρχισε να επεξεργάζεται φιλόδοξα σχέδια για αμφίβιες επιχειρήσεις στο Ιόνιο, όπως τη μεταφορά σερβικών στρατευμάτων από τη Θεσσαλονίκη για την πολιορκία της Σκόδρας από θαλάσσης, την απόβαση ελληνικών στρατευμάτων στα νώτα των Ιωαννίνων και παράκαμψη των οχυρώσεων του Μπιζανίου και την κατάληψη σημαντικών λιμένων στη Βόρειο Ήπειρο παρακάμπτοντας την χερσαία οδό. Τα σχέδια κλιμακώθηκαν στην κατάληψη των Αγίων Σαράντα τον Νοέμβριο του 1912 (Παλιό Ημερολόγιο), με την αποβίβαση ενός τμήματος του 1ου Συντάγματος Πεζικού, που κράτησε μόνο μερικές μέρες και ελλείψει τολμηρών κινήσεων αναγκάστηκε να αποχωρήσει.
Τον Φεβρουάριο του 1913, η προσοχή του επιτελείου είχε στραφεί πλέον προς την Ήπειρο και στρατός και στόλος ενισχύθηκαν σημαντικά με μετακινήσεις μονάδων από τη Μακεδονία και το Αιγαίο. Η ελληνική διοίκηση βρισκόταν σε αγώνα δρόμου, καθώς οι Βαλκανικοί Σύμμαχοι είχαν πετύχει τους επιχειρησιακούς στόχους τους και οι Δυνάμεις είχαν παρέμβει κηρύσσοντας κατάπαυση του πυρός και δρομολόγηση διαπραγματεύσεων.
Το ελληνικό επιτελείο κινήθηκε γρήγορα για να πετύχει τετελεσμένα στην Ήπειρο. Η Μοίρα του Ιονίου ενισχύθηκε με το παλιό θωρηκτό “Ψαρά”, 3 αντιτορπιλικά (“Ασπίς”, “Αετός”, “Λόγχη”), 1 τορπιλοβόλο (το οθωμανικό “Αττάλεια” που αυτοβυθίστηκε στην Πρέβεζα, ανελκύστηκε και μετά από επισκευές εντάχθηκε στο ελληνικό ναυτικό ως “Νικόπολις”) και 3 επίτακτα ωκεανοπόρα.
Η απελευθέρωση των Αγίων Σαράντα έγινε με αποβατική ενέργεια μονάδων της ΙΙ Μεραρχίας Πεζικού στο λιμένα εν μέσω θύελλας, που απέκρυπτε τις κινήσεις των Ελλήνων. Μετά την απόβαση των ανιχνευτών, που προωθήθηκαν άμεσα στα βουνά και απέκλεισαν τις διαβάσεις, αποβιβάστηκαν τακτικά στρατεύματα προέλασαν γρήγορα και κατέλαβαν σημαντικά σημεία στην πόλη. Τα λάθη του πρόσφατου παρελθόντος δεν θα επαναλαβάνονταν. Θα ακολουθήσουν οι πόλεις του Αργυροκάστρου και του Τεπελενίου που πέρασαν στον έλεγχο του ελληνικού στρατού.
Ωστόσο, και αυτή τη φορά, η τύχη της ενέργειας δεν αποκρυσταλλώθηκε στην διαρκή απελευθέρωση των ιστορικών πόλεων της Βορείου Ηπείρου. Αν και η πόλη των Ιωαννίνων έπεσε και πέρασε ασφαλώς στα ελληνικά χέρια, ο ελληνικός στρατός δεν πρόλαβε να προελάσει και να συνενωθεί με τις δυνάμεις στα λιμάνια των παραλίων πόλεων με αποτέλεσμα η αξία τους να έχει μικρό αντίκτυπο στο διπλωματικό τραπέζι. Έτσι, παρά τις επίπονες προσπάθειες του ναυτικού και του στρατού, η διεθνής πολιτική επέτασσε την αποχώρηση των ελληνικών δυνάμεων από σημεία που δεν μπορούσε να υποστηρίξει και να δώσει χώρο για ένα νέο κράτος, την σύγχρονη Αλβανία, που όφειλε να έχει ικανά σύνορα για να κρατήσει Σέρβους και Έλληνες μακρυά από τα στενά του Οτράντο και τον έλεγχο της εξόδου της Αδριατικής.
