Λίγο πριν συμπληρωθούν 24 ώρες από την προηγούμενη γερμανική επίθεση, στις 6 Απριλίου, λίγο μετά της 21:00 της 7ης Απριλίου, ξεκίνησε σφοδρός βομβαρδισμός και ναρκοθέτηση του λιμένα του Πειραιά από Junkers Ju-88 της II/4. KG (Kampfgeschwader – Μοίρα Βομβαρδισμού). Κατά τον βομβαρδισμό χτυπήθηκε και πυρπολήθηκε το βρετανικό φορτηγό «SS Clan Fraser» το οποίο μετέφερε 250 τόνους πυρομαχικών (κατά άλλους 400), πιθανώς τορπιλών. Περί τις 04:00 οι φλόγες προκάλεσαν έκρηξη, που προξένησε ανυπολόγιστες ζημιές στο λιμάνι.
Έντεκα εμπορικά πλοία βυθίστηκαν (μεταγωγικά “Clan Fraser”, “City of Roubaix”, “Cyprian Prince”, “Πατρίς”, “Ακρόπολις”, “Στυλιανή”, “Εύοικος”, το διασωστικό “Viking”, το επίτακτο γιωτ/περιπολικό “Surf” και το καΐκι “Αλκυών” ενώ το ελληνικό μεταγωγικό “Πετάλλι” πυρπολήθηκε κατά την έκρηξη και ρυμουλκήθηκε εκτός του λιμένος όπου βυθίστηκε). Άλλα 85 ελαφρά σκάφη και αλιευτικά καταστράφηκαν κατά την έκρηξη χωρίς να καταγραφούν.
Ζημιές προκλήθηκαν στα μεταγωγικά “Cingalese Prince”, “Devis”, “Katie Moller”, “Αγαλιανή”, “Κωνσταντίνος Λουλούδης”. Αχρηστεύτηκαν επίσης το ελληνικό βοηθητικό “Γεώργιος” και το ρυμουλκό “Ελπίς”. Το λιμάνι του Πειραιά έμεινε ανενεργό για αρκετές μέρες με τον στόλο των μεταγωγικών να ανεφοδιάζουν την ξηρά μέσω του Βόλου, της Χαλκίδας, της Ελευσίνας και της Στυλίδας.
Ο συγκεκριμένος βομβαρδισμός δεν ήταν ο πρώτος ούτε ο μόνος που έπληξε την πόλη του Πειραιά αλλά η έκρηξη των πυρομαχικών του “Clan Fraser” τον έκανε σίγουρα τον πιο αλησμόνητο. Μέχρι σήμερα, κομμάτια από το μεταγωγικό (steamer), που βρέθηκαν μέχρι το Πασαλιμάνι ή τον Τινάνειο Κήπο φυλάσσονται στη Δημοτική Πινακοθήκη. Η καταστροφή φαινόταν απόλυτη, καθώς εκτός από τα πλοία που έκλεισαν τις αποβάθρες, καταστράφηκαν και τα μέσα, τα κτίρια και ο εξοπλισμός γύρω από το λιμάνι.
Στις κατηγορίες που καταλογίστηκαν στους Βρετανούς αργότερα, προστέθηκε και η αλόγιστη ενέργεια να κάνουν εκφόρτωση τόνων πυρομαχικών σε μεγάλο λιμάνι αλλά και η πλημμελής προστασία του λιμένος από αντιαεροπορικά.
Επίσης, η αντιαεροπορική άμυνα των ελληνικών λιμένων δεν ήταν ευθύνη των Βρετανών αλλά των Ελλήνων αλλά ακόμα και η καλύτερη άμυνα δεν σημαίνει απόλυτη προστασία, πολύ περισσότερο όταν αντιμετωπίζει κανείς μια υπερσύγχρονη αεροπορία, με έμπειρα πληρώματα και μέσα στο σκοτάδι της νύχτας. Αποσιωπάται επίσης το γεγονός, πως μεγάλο τμήμα των αντιαεροπορικών πυρών προήλθε από δύο βρετανικά καταδρομικά, τα HMS Calicuta και HMS Ajax, που βρίσκονταν στο Σαρωνικό και συνέβαλαν τα μέγιστα.
